南京预防医学会成立于1991年，是全省最早成立的市级预防医学会之一，是南京地区预防医学和公共卫生工作者及单位自愿组成的学术性、非营利性社会组织，是党和政府联系预防医学和公共卫生科技工作者的纽带，是在南京地区内开展活动，发展预防医学和公共卫生科技事业的一支重要社会力量。学会挂靠南京疾病预防控制中心，是南京市科学技术协会的下属公益性学会组织。

目前，南京预防医学会现有21个专业委员会，48个单位会员，下设学会办公室、财务管理部部、科研教育部。近年来，南京预防医学会以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，践行“健康中国”战略，坚持“预防为主”等新时期卫生工作方针，依靠全市预防医学和公共卫生战线上的专家和广大会员，以卫生防病为中心，积极开展各项学术交流，推动学科建设和人才培养，在组织建设、学术活动、继续教育培训和科普宣传等方面取得了一定的成绩。学会荣获“2020年度特色示范学会”、“2020年度市级学会工作先进集体”、"2021年度市级学会工作先进集体”、“2022年度综合示范学会”、“2022年度南京市科普工作先进集体”等荣誉。